La regia è stata affidata a Brad Silberling (Casper, City of angels - La città degli angeli, Moonlight mile - Voglia di ricominciare) che, in simbiosi con scenografi e direttore della fotografia, ha dato un'impronta gotica ed oscura degna di un film di Tim Burton. Il regista, con una tecnica molto cara proprio a Burton, si è divertito a modificare le angolazioni delle inquadrature, creando quindi un mondo diverso nel quale immergersi e perdere completamente i riferimenti temporali. Non altrettanto riuscita la tecnica di gestione della messa a fuoco.

Consueti cambi di fuoco inducono lo spettatore a concentrarsi solo sui primi piani o sugli sfondi, non consentendo spesso una visuale globale della scena. In alcune riprese addirittura è l'attore che spostandosi si porta in una zona a fuoco. Anche il montaggio realizzato dal grande Michael Kahn (A.I. Intelligenza Artificiale, la trilogia di Indiana Jones, i primi due episodi di Jurassic Park, Minority Report, Salvate il sodato Ryan, Schindler's list - La lista di Schindler) e Dylan Tichenor risulta purtroppo spesso impreciso, distaccato dal gioco delle messe a fuoco del regista.

 Il Regista di Silberling utilizza spesso cambi di messa a fuoco
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Sublime il lavoro fatto dagli scenografi. Le riprese del film sono state fatte in dieci diversi teatri di posa della Paramount Pictures e ai Downey Studios di Los Angeles, in un'ampia area utilizzata addirittura anche dalla Boeing per costruire lo Space Shuttle. Indispensabile anche la presenza di cinque set acquatici, costruiti in una enorme vasca di 40x76 metri riempita con 8000 metri cubi di acqua, per un totale complessivo di circa 70 set.

Il lavoro è stato certosino: 14 settimane in media per arredare i set più grandi e 20 settimane per costruire la villa del Conte Olaf. Ed è proprio questa villa la più particolare, ricca di accorgimenti più o meno evidenti che contribuiscono a delineare la personalità del conte, abile trasformista e vanitoso attore. Nel suo interno sono distribuiti nove grandi ritratti del conte, che diventa ad esempio l'attore John Barrymore, poi George Washington e poi un cavaliere con tanto di armatura scintillante...

Due immagini della villa del Conte Olaf
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Ancora più "divertente" la presenza di un occhio riproposto in ogni maniera nella casa del conte. A volte è inserito in maniera molto evidente, ad esempio in un dipinto, al centro delle finestre, ecc.. Altre volte invece è proposto in maniera più discreta: nella carta da parati, inserito nel capitello delle colonne, nell'orologio a pendolo, nell'intelaiatura del divano, a ricordare la costante presenza vigile del conte sui tre orfani.

Degno di nota anche il lavoro fatto per la casa di zia Josephine, una sbilenca palafitta sul lago Lacrimoso, simbolo della fragilità emotiva della badante. Per consentire la distruzione della suddetta catapecchia, questa è stata costruita su particolari ascensori idraulici che la potevano sollevare ad un'altezza di sette metri e farla precipitare in due secondi.

Da segnalare inoltre l'uso di sfondi dipinti e finte prospettive per creare l'illusione ottica di fondali che si estendono all'infinito. La tecnica si integra perfettamente con il resto del set, consentendo di visualizzare nel ristretto spazio del teatro di posa gli immensi campi di grano presenti nel film e i lunghissimi binari della ferrovia.

Tre momenti di Lemony Snicket - Una serie di sfortunati eventi
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La fotografia del messicano Emmanuel Lubezki non si discosta dallo stile del film. Candidato all'Oscar per la fotografia de Il mistero di Sleepy Hollow (regia di Tim Burton), Lubezki riporta nella pellicola proprio le atmosfere dei film di Burton. L'uso di grandi fari da due metri e mezzo per tre, utilizzati con filtri particolari e ad un altezza elevata, ha generato tonalità sature, tendenti al blu che predominano in tutto il film.

Una piccola parentesi è rappresentata dalle scene sul lago Lacrimoso con zia Josephine, dove sono molto evidenti incursioni di rosso. Da segnalare una piccola pecca verso il finale del film, quando Klaus Baudelaire si ritrova in una scena con un imponente riflesso di raggi di sole. L'effetto finale sembra molto poco cinematografico...